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  • Geneformer:基于Transformer的基因表达预测深度学习模型
    摘要Geneformer被广泛应用于疾病建模、治疗靶点发掘、基因网络预测与调控分析、基因功能预测与剂量敏感性分析、单细胞转录组数据集成与标准化、遗传变异解释与GWAS靶点优先排序。该案例既有算法原理,也有手把手的昇腾部署教学,包含细胞分类、基因分类、提取细胞嵌入图、细胞多分类的微调任务1 Geneformer介绍GeneForme...
    2025-06-13
  • MySQL分库分表篇
    传统项⽬结构数据库性能瓶颈:1、数据库连接数有限MySQL数据库默认100个连接、单机最⼤1500连接。2、表数据量1)表数量多,成百上千2)单表数据,千万级别3)索引,命中率问题,索引存磁盘,占空间3、硬件问题性能指标:单表QPS、TPS数据库性能优化1、参数优化2、缓存、索引3、读写分离4、分库分表
    2020-04-27
  • 5+:非肿瘤能量代谢思路来喽
    早!今天小编和大家分享一篇10月刚刚发表在Front Cardiovasc Med杂志(IF:5.846)的文章《Identification of energy metabolism-related biomarkers for risk prediction of heart failure patients using random forest algorithm》。最近发表了很多和能力代谢相关的生信研究文章,无论是针对肿瘤还是非肿瘤疾病。心脏...
    2022-11-03
  • 糟了,上网记录被 Python 扒下来了!
    长时间使用浏览器会积累大量浏览器历史记录,这些是很隐私的数据,里面甚至可能有一些不可描述的网站或者搜索记录不想让别人知道。不过,我们自己可能会感兴趣,天天都在上网,想知道长期下来是都在摸鱼还是有认真工作。
    2019-08-15
  • 从猪心移植患者到攻克肿瘤难题,基因编辑距离大规模落地还有多远?|量子位·对撞派 × 辉大基因
    CRISPR等新一代基因编辑工具正在被越来越广泛地应用到生物医药领域,特别是在肿瘤、血液疾病治疗等领域,将为疑难病症患者提供更多治疗选择,并创造出巨大的市场空间。
    2022-09-21
  • 写代码学生物信息[0]: Bionode
    Bionode是一系列供生物信息开发者使用的模块化Javascript API和Shell命令。简单的说就是一堆node module和shell命令(由于node自身流数据的特性,将其改编成支持pipe的shell命令十分容易也很高效)。
    2016-08-08
  • MySQL学习记录:数据类型与操作数据表
    MySQL默认的端口号是: 3306MySQL中的超级用户: root创建数据库 CREATE DATABSE修改数据库 ALTER DATABASE删除数据库 DROP DATABASE
    2017-08-01
  • 数据库版本管理:Flyway探索与实践
    引言:如果你是一个独立开发者或者不需要维护多个系统,那么维护数据库版本并不复杂。但是如果你的团队正在快速迭代或者同时开发多个功能,在多个环境版本并行,在多个生产服务器上部署你的服务,那么数据库的管理将变成一件麻烦事。如何更新所有的数据库,并维护好所有的更新记录,把多个人的操作合并起来带来了挑战。​...
    2020-03-03
  • 文献阅读:SpaceX:空间转录组学的基因共表达网络估计
    文献题目 SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics \研究团队 Veerabhadran Baladandayuthapani(美国密歇根大学)、Xiang Zhou(美国密歇根大学)\发表时间 2022-09-30 \发表期刊 Bioinformatics \影响因子 6.9 \DOI 10.1093/bioinformatics/btac645:::
    2024-06-19
  • 文献阅读:将条形码神经解剖学与空间转录分析相结合,可以识别投射神经元相关基因
    文献题目 Integrating barcoded neuroanatomy with spatial transcriptional profiling enables identification of gene correlates of projections \研究团队 Anthony M. Zador(美国冷泉港实验室)\发表时间 2021-05-10 \发表期刊 Nature Neuroscience \影响因子 24.8 \DOI 10.1038/s41593-021-00842-4:::
    2024-04-03
  • 生信教程:使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
    ABBA BABA 统计(也称为“D 统计”)为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此,它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据(例如来自全基因组测序或 RADseq)来测试基因渗入。
    2023-09-26
  • genome.js DNA与开源的碰撞
    genome.js是基于Node.js的开源平台。利用genome.js可以高效地分析DNA数据流。 使用步骤如下: 从支持的医疗机构获取DNA序列SNP文件 利用 dna2json 将SNP文件转为SNP-JSON格式 将转换好的SNP-JSON文件导入到genosets工具中进行分析 使用GQL语言(Genome查询语言)处理数据、查询信息 基因分析有助于提醒你注意潜在的健康问...
    2013-12-03
  • 训练营数据库day01
    数据库概述什么是数据库?所谓的数据库就是指存储和管理数据的仓库扩展内容1:数据库有哪些分类?(了解)早期: 层次式数据库、网络型数据库现在:关系型数据库、非关系型数据库什么是关系型数据库?底层以二维表的形式保存数据的库就是关系型数据库stu-学生表扩展内容2:常见的关系型数据库有哪些?(了解)Sql Server:微...
    2021-03-17
  • WGCNA加权基因共表达网络分析
    Last Update: 17 March 2024 染山 <br/>参考脚本:WGCNA Gene Correlation Network Analysis[链接]Network analysis with WGCNAWGCNA R 包根据表达数据构建“加权基因共表达网络分析”。最初发表于 2008 年,引用如下:Langfelder, P. and Horvath, S., 2008. [WGCNA: an R package forweighted correlation networka...
    2024-03-19
  • 【数据库数据恢复】磁盘空间不足导致sql server错误的数据恢复
    数据库数据恢复环境:Dell PowerEdge R系列服务器;7块SAS硬盘分别组成raid1(2块硬盘)和raid5(5块硬盘);sql server数据库存放在C盘中。
    2022-06-15
  • 鸿蒙开发:实现键值数据库存储
    代码运行环境:全部基于HarmonyOs NEXTDevEco Studio:Build Version: 5.0.3.900API:12modelVersion:5.0.0
    2024-12-30
  • 1亿参数的细胞大模型来了!登Nature子刊,清华大学团队发布scFoundation:对2万基因同时建模
    近年来,大规模预训练模型正在引领新一轮人工智能浪潮。「大模型」通过从大规模、多来源的数据中提取深层次规律,进而能够作为「基础模型」服务不同领域的多样化任务。例如,大语言模型通过学习大量文本数据,掌握了理解和识别语言的能力,革新了自然语言处理领域的范式。
    2024-06-26