WSL打开VMD，Chimera，QtGrace，Typora

疫情原因，在家科研，尝试在windows便携本中创建类似实验室的linux工作环境。

• 虚拟机对Surface Go太大了！！
• WSL + X Window System，非官方支持，有些软件不兼容，比如Chimera
• Cygwin，只是有层皮，很多linux软件是装不上的。

无意间发现WSL可以直接调用windows应用，一下子打开了新世界！

WSL原生linux体验+Windows原生GUI体验，结合vscode写脚本，完美。

原则上只要win版软件支持接收命令行参数就可以使用。

关于安装WSL，bilibili上有对应视频:

【CS】WSL+Chimera+VSCode
磨刀不费砍柴功，宅家科研两不误。
如何在win10下配置良好的工作环境呢？
金才师兄小课堂为你答疑解惑~ huanglab第一次投稿试水，请观众姥爷们多多素质三连，谢谢！
https://www.bilibili.com/vide...

以下是测试可用软件列表（会持续更新）：

1. VMD

看轨迹文件丝般顺滑。

# In WSL
export PATH=$PATH:'/mnt/c/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD'
vmd.exe 3lfm.pdb

2. UCSF Chimera

非常适合蛋白配体相互作用的可视化，默认展示形式就很好。和pymol是竞品，chimera学术免费。pymol学术版也是收费的。虽然有pymol开源免费版，但更新滞后。

其实windows的powershell可以调用Chimera，但是不支持通配符，比如chimera.exe *.pdb，而WSL可以完美支持用通配符打开多个文件。

# In WSL
export PATH=$PATH:'/mnt/c/Program Files/Chimera 1.14/bin'
chimera.exe 3lfm.pdb

3. QtGrace

查看gromace输出xvg文件。

# In WSL
cd /tmp
# sudo apt install unzip
# 解压qtgrace到你想放的地方
unzip /mnt/c/Users/yangjc/Downloads/qtgrace_v026_Win7.zip
export PATH=$PATH:/tmp/qtgrace_v026_Win7/bin
chmod +x /tmp/qtgrace_v026_Win7/bin/qtgrace.exe
qtgrace.exe qtgrace_v026_Win7/examples/boxplot.agr
qtgrace.exe rmsd-dist.xvg

4. Typora

markdown原位渲染，真香。

export PATH=$PATH:'/mnt/c/Program Files/Typora'
echo '# Test' > test.md
Typora.exe test.md