Rosetta+hdf5 Ubuntu编译

环境信息

项目	值
操作系统	Ubuntu 18.04.6 LTS
cpu	8核
内存	16G
g++	7.5.0(系统自带无需安装)
Python	2.7.17(系统自带无需安装)
rosetta	rosetta 3.13

安装

安装依赖库

sudo apt-get update
sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt-get install libhdf5-dev

配置环境变量

编译文件~/.bashrc 添加以下内容

export ROSETTA=/root/rosetta_src_2021.16.61629_bundle
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

ROSETTA修改为源码目录

安装HDF5

从这里下载hdf5源码，基于源码进行安装

cd hdf5-1.12.0
./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran
make
sudo make install
sudo make check-install

安装成功后需要添加环境变量，同样编辑文件，添加以下内容

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial

执行source ~/.bashrc命令使其生效

hdf5安装成功后默认lib文件存放在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial目录下，头文件(.h文件)存放在/usr/include/hdf5/serial下

修改配置文件

修改rosetta配置文件，配置文件位于osetta_src_2021.16.61629_bundle/main/source/tools/build/site.settings，将原来的配置项

"include_path" : os.environ["INCLUDE"].split(":") if "INCLUDE" in os.environ else []

修改为

"include_path" : os.environ["INCLUDE"].split(":") if "INCLUDE" in os.environ else [] + ["/usr/include/hdf5/serial/"],

/usr/include/hdf5/serial/就是hdf5的头文件所在目录

安装

cd $ROSETTA/main/source/
./scons.py -j 20 mode=release bin extras=hdf5

-j 20 表示开启20个线程同时编译，这个需要视服务器配置合理设置，如果设置过高，会消耗大量内存，如果内存不够编译会失败。如果一切顺利，显示以下日志表示编译成功

scons: done building targets.