傻瓜式零代码孟德尔随机化软件MRapp

傻瓜式零代码孟德尔随机化软件MRapp
无需复杂冗长的代码
只需要鼠标点点，
即可轻松完成3分SCI
支持Windows32位、64位，Mac intel芯片、M1/M2芯片

视频教程见B站up主：SPSS数据分析大师

1 MRapp 简介

傻瓜式零代码孟德尔随机化软件MRapp。
涉及暴露数据的自动Screening、结局数据的自动Screening、暴露数据与结局数据的联合、进行两样本孟德尔随机化、绘制散点图、森林图、多效应检验、敏感性分析等等。下面逐一介绍。
MRApp-v1.0.4下载链接：https://pan.baidu.com/s/1S9uvjmAlwhpn9mATTxP4tQ?pwd=3fef 提取码：3fef
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2 软件登录
双击应用程序，打开软件。
弹出登录界面。输入用户名、密码，点击登录Login即可。
登录成功界面
3 上传数据
点击Upload Exposure-Raw切换到上传原始暴露数据界面。
点击Browser切上传原始暴露数据。
选择具体的数据文件。必须是CSV格式的数据。点击打开。
在View界面浏览上传的原始暴露数据。一般而言你上传的原始暴露数据是需要进行整理才可以继续分析，利用我们这款傻瓜式零代码的软件可以自动筛选和整理的。
在Names界面浏览上传的原始暴露数据的变量名称。建议变量名称都是英文，且无特殊符号或者空格。
在Summary界面浏览上传的原始暴露数据的具体统计学信息。分类变量提供频数信息，连续性变量提供最基本的 5 个描述统计量信息。
在Structure界面浏览上传的原始暴露数据的结构。再次核对数据以及变量的类型，相当重要！！！
点击Data Screening切换到筛选暴露数据界面。
在p value中指定按照多大的P值来筛选snp。一般是按照5*10-8次方来。需要注意的是原始数据中必须有一列P值得数据，且其名称是小写字母p，这点将在1.0.5版本更新为自动选择P值变量，因为你的数据中得P值有可能不叫p。
筛选后得snp数据见下。可导出为本地csv文件。View、Names、Summary、Structure界面略。
3 数据联合
点击Upload Exposure切换到上传筛选过的暴露数据界面。
点击Browser上传筛选过的暴露数据。
选择CSV格式数据，点击打开。
按照要求指定数据中的变量名称。SNP指定snp变量在数据中的名称，Beta指定回归系数变量在数据中的名称，SE指定回归系数标准误在数据中的名称，Effect Allele指定效应位点在数据中的名称。Kb指定连锁不平衡的区域范围，保持默认即可。r2设置连锁不平衡的判断标准，介于0~1之间，r2=1表示两个SNP是完全的连锁不平衡的关系，r2=0则表示两个SNP是完全连锁平衡的关系，也就是说这两个SNP是完全随机分配的。
有人认为此处的几个选项可选可不选。不过大鹏建议给他选上。Other Allele指定其他等位基因位点在数据中的名称，eaf指定效应位点频率在数据中的名称，pval指定p值在数据中的名称。点击Submit。
在Names界面浏览上传的原始暴露数据的变量名称。建议变量名称都是英文，且无特殊符号或者空格。
这个界面的选项可忽略，你设置也可以，就是选择相应变量在数据中的名称，不过选不选，对你分析也没任何影响。
自动弹出处理好的暴露数据，只有这种处理好的暴露数据才可以进行下一步分析。软件已经自动化处理了，当然你下载下来作为科研资料保存也可以。
点击Upload Outcome切换到上传的结局数据界面。
点击Browser上传结局数据。
选择CSV格式数据，点击打开。
按照要求指定数据中的变量名称。SNP指定snp变量在数据中的名称，Beta指定回归系数变量在数据中的名称，SE指定回归系数标准误在数据中的名称，Effect Allele指定效应位点在数据中的名称。Other Allele指定其他等位基因位点在数据中的名称，EAF指定效应位点频率在数据中的名称，pval指定p值在数据中的名称。点击Submit。
自动弹出处理好的结局数据，只有这种处理好的结局数据才可以进行下一步分析。软件已经自动化处理了，当然你下载下来作为科研资料保存也可以。
进行暴露数据与结局数据的联和，直接切换到Harmonization即可。
弹出软件自动处理的联合数据。你可以下载下来作为科研资料保存。
4 两样本孟德尔随机化
点击Analysisi切换到两样本孟德尔随机化分析界面。
通过MR methods选择合适的方法进行两样本孟德尔随机化分析，建议先选择前3个看看。点击Submit。
在Estimation中自动输出孟德尔随机化的结果。这个表格罗列5中方法的结果，主要指标就是看表格中的P值。
在Scatter plot中返回几种方法的孟德尔随机化的散点图。
在heterogeneity中返回异质性检验的表格结果。
在heterogeneity Plot/Funnel Plot中返回异质性检验的图形结果。
在Horizontal Pleiotropy中返回水平多效应检验的结果。
在Single SNP analysis中返回单snp检验的结果。
在Leave-one-out analysis中返回敏感性分析结果。
在Leave-one-out plot中返回敏感性分析的图形结果。
在Forest plot中返回孟德尔随机化的森林图结果。

以上就是两样本孟德尔随机化的自动分析呈现出的表格和图形。

多变量孟德尔随机化

点击MV中的Analysis中进行多变量孟德尔随机化分析。
点击Browser分别上传暴露数据和结局数据。
在Estimation中返回多变量孟德尔随机化结果。

在线数据

点击GWAS log切换到在线GWAS数据界面。
在Summary中显示在线GWAS数据库。
通过Phenotype来选择你所感兴趣的数据，点击Submit。
将自动返回数据详细结果，你可以切换到点击Exposure或者Outcome来下载已自动整理为暴露数据或结局数据格式的CSV。
点击Metabolites切换到在线代谢数据界面。
在Summary中显示在线代谢数据库。
通过Phenotype来选择你所感兴趣的数据，点击Submit。
将自动返回数据详细结果，你可以切换到点击Exposure或者Outcome来下载已自动整理为暴露数据或结局数据格式的CSV。
点击Proteins切换到在线蛋白质数据界面。
在Summary中显示在线蛋白质数据库。
通过Phenotype来选择你所感兴趣的数据，点击Submit。
将自动返回数据详细结果，你可以切换到点击Exposure或者Outcome来下载已自动整理为暴露数据或结局数据格式的CSV。
点击IEU GWAS database切换到在线IEU GWAS数据界面。特别注意，切换到IEU GWAS数据时确保电脑只有本软件运行，不要再打开其他不必要的软件听音乐或看视频。因为这个数据库特别的大，需要3-5分钟，在Summary中才会返回来结果。
在Summary中显示在线IEU GWAS数据库。
通过id来选择你所感兴趣的数据，可以同时选择多个id，点击Submit。
将自动返回数据详细结果，你可以切换到点击Exposure或者Outcome来下载已自动整理为暴露数据或结局数据格式的CSV。