很多人在安装WGCNA时,遇到了很多烦人的报错问题,包括自己在内。报错原因主要有软件版本、R包之间的依赖,最无能为力的是系统包的依赖,而你没有权限。这里介绍几个方法,可能帮助你解决遇到的问题。
正常安装
# 如果你的系统环境符合WGCNA的安装要求,通过以下代码就能安装成功,否则试试其他方法。
$ R
> install.packages("BiocManager")
> BiocManager::install("WGCNA")
用 apptainer 构建容器
$ apptainer build WGCNA.sif docker://jpcartailler/iterativewgcna
用mamba 安装
$ mamba create -n WGCNA r-essentials r-tidyverse r-ggplot2
$ mamba activate WGCNA
# 进入 R
$ R
> install.packages("BiocManager")
> BiocManager::install("WGCNA")
# 如果缺少R包,用BiocManager安装一般都能解决,动态库什么的用mamba安装一般也能解决
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持续更新中。。。
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