nextflow 基础

Nextflow 核心知识点与使用指南

一、安装与依赖

环境要求
• Java：Nextflow 需 Java 17+ 环境，可通过 apt-get 或 SDKMAN 安装。

• 操作系统：支持 Linux、macOS，Windows 需通过 WSL2 运行。

安装方式
• 一键安装：

curl -s https://get.nextflow.io | bash
chmod +x nextflow
mv nextflow $HOME/.local/bin/
支持自动更新（nextflow self-update）。
• Conda 安装：

conda install -c bioconda nextflow
适合需要版本管理的场景。

二、核心功能与优势

可扩展性
• 支持本地、集群（Slurm/SGE/PBS）及云平台（AWS/GCP）部署。

• 自动并行化：通过 Channel 实现任务分发，无需手动配置并行逻辑。

容器化支持
• 无缝集成 Docker 和 Singularity，确保环境一致性。

• 示例：

process samtools {
container "biocontainers/samtools:1.3.1"
script "samtools --version"
}
容错与恢复
• 检查点机制（Checkpoint）：任务失败后可通过 -resume 参数从断点继续。

• 错误日志自动追踪，支持动态资源调整。

三、脚本开发与语法

流程结构
• Process：定义单个任务，包含输入、输出、脚本逻辑。

process splitLetters {
input: val str
output: path 'chunk_*'
script: "printf '$str' | split -b 6 - chunk_"
}
• Workflow：通过 Channel 连接多个 Process，定义数据流。

参数化与配置
• 全局参数：通过 params 定义，支持命令行覆盖。

params.str = "Hello world!"
• 资源配置：在 nextflow.config 中指定 CPU、内存等。