记一次ORFfinder本地化所遇到的问题

记一次ORFfinder本地化所遇到的问题

ORFfinder: 0.4.1

本地化ORFfinder本来是一件相当简单的事情，NCBI已经做的足够简洁，下载ORFfinder二进制文件，然后就可以了。

但是我这边却出现了两个问题：

1. libstdc++库太旧

系统版本的libstdc++版本为libstdc++.so.6.0.19，而ORFfinder依赖的CXXABI_1.3.8和GLIBCXX_3.4.20在libstdc++.so.6.0.19中的版本太低

$ strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep -i cxxabi
CXXABI_1.3                                     
CXXABI_1.3.1                                   
CXXABI_1.3.2                                   
CXXABI_1.3.3                                   
CXXABI_1.3.4                                   
CXXABI_1.3.5                                   
CXXABI_1.3.6                                   
CXXABI_1.3.7                                   
CXXABI_TM_1

所以运行ORFfinder会出现如下问题：

$ /opt/orf-finder/ORFfinder -dryrun
/opt/orf-finder/bin/ORFfinder: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /opt/orf-finder/bin/ORFfinder)                                              
/opt/orf-finder/bin/ORFfinder: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /opt/orf-finder/bin/ORFfinder)

这个问题比较好解决，直接安装新版的libgcc，然后把安装位置加入到LD_LIBRAY_PATH里面就行了。

2. 114的DNS问题

安装了新版的libgcc，ORFfinder的运行还是不能成功，显示错误为：

Error: (308.5) [ID2]  Service not found        
Error: (315.2) CConn_Streambuf::CConn_Streambuf():  NULL connector: Unknown                    
Error: (308.5) [ID2]  Service not found        
Error: (315.2) CConn_Streambuf::CConn_Streambuf():  NULL connector: Unknown                    
Error: (308.5) [ID2]  Service not found        
Error: (315.2) CConn_Streambuf::CConn_Streambuf():  NULL connector: Unknown                    
Error: (308.5) [ID2]  Service not found        
Error: (315.2) CConn_Streambuf::CConn_Streambuf():  NULL connector: Unknown                    
Error: (308.5) [ID2]  Service not found
Error: (315.2) CConn_Streambuf::CConn_Streambuf():  NULL connector: Unknown
Error () : cannot open initial connection

显示错误为不能初始化连接，我想着可能是服务器的网络问题（因为我本地的电脑是可以正常运行ORFfinder的），但是服务器是可以正常的访问NCBI的，我灵机一动，有可能是DNS污染问题（纯属猜测），于是我在自己电脑上解析了一下NCBI的域名:

$ dig ncbi.nlm.nih.gov
; <<>> DiG 9.11.1-P2-RedHat-9.11.1-2.P2.fc26 <<>> ncbi.nlm.nih.gov                             
;; global options: +cmd                        
;; Got answer:                                 
;; ->>HEADER<<- opcode: QUERY, status: NOERROR, id: 105                                        
;; flags: qr rd ra; QUERY: 1, ANSWER: 1, AUTHORITY: 0, ADDITIONAL: 1                           

;; OPT PSEUDOSECTION:                          
; EDNS: version: 0, flags:; udp: 4096          
;; QUESTION SECTION:                           
;ncbi.nlm.nih.gov.              IN      A      

;; ANSWER SECTION:                             
ncbi.nlm.nih.gov.       16456   IN      A       130.14.29.110                                  

;; Query time: 4 msec                          
;; SERVER: ***.***.***.***#53(***.***.***.***) 
;; WHEN: Mon Sep 18 19:27:20 CST 2017          
;; MSG SIZE  rcvd: 61

可以发现，我的电脑解析到了：130.14.29.110这个IP，再在服务器上运行一下：

$ dig ncbi.nlm.nih.gov                    

; <<>> DiG 9.9.4-RedHat-9.9.4-50.el7_3.1 <<>> ncbi.nlm.nih.gov                                 
;; global options: +cmd                        
;; Got answer:                                 
;; ->>HEADER<<- opcode: QUERY, status: SERVFAIL, id: 41493                                     
;; flags: qr rd ra; QUERY: 1, ANSWER: 0, AUTHORITY: 0, ADDITIONAL: 1                           

;; OPT PSEUDOSECTION:                          
; EDNS: version: 0, flags:; udp: 4096          
;; QUESTION SECTION:                           
;ncbi.nlm.nih.gov.              IN      A      101.200.194.167

;; Query time: 3 msec                          
;; SERVER: 114.114.114.114#53(114.114.114.114) 
;; WHEN: 一 9月 18 19:34:21 CST 2017           
;; MSG SIZE  rcvd: 45

可以看到域名被解析到：101.200.194.167了，那么问题就浮出水面了。

因为我的电脑是用的ISP提供的DNS，但是服务器的DNS被设置成了114.114.114.114，可能就是这个问题导致ORFfinder找不到正确的服务器（话说ORFfinder一个离线应用为什么要连接NCBI的服务器？）。

这时我把服务器的DNS也设置为ISP提供的DNS，问题解决！