如何在blast输出结果中添加物种名称

2017-11-17
阅读 5 分钟
13.1k
最近做一个项目需要利用blastn结果来画出进化树,这样就需要有物种名称。一种方法是利用blastn输出的gi去NCBI查询获取到物种名称,虽然也是可行的,但是有没有简单一点的方法呢?笔者经过各种Google终于找到了一种方法。

Python Schema一种优雅的数据验证方式

2017-10-30
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17.1k
不管我们做什么应用,只要和用户输入打交道,就有一个原则--永远不要相信用户的输入数据。意味着我们要对用户输入进行严格的验证,web开发时一般输入数据都以JSON形式发送到后端API,API要对输入数据做验证。一般我都是加很多判断,各种if,导致代码很丑陋,能不能有一种方式比较优雅的验证用户数据呢?Schema就派上用场...

记一次ORFfinder本地化所遇到的问题

2017-09-18
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3.1k
系统版本的libstdc++版本为libstdc++.so.6.0.19,而ORFfinder依赖的CXXABI_1.3.8和GLIBCXX_3.4.20在libstdc++.so.6.0.19中的版本太低

简单易用的序列处理工具SeqHandler介绍

2017-09-11
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2.4k
在实际工作工程中经常需要处理一些序列,需要的功能可能也是极其简单的,比如:查看长度、ATCG各个碱基的含量、GC含量等等。我的做法是把那个需要拷贝到ipython(一个Python的解释工具),然后再各种操作,操作到了发现这些东西都是重复性的,而且是很简单的,于是就萌生了做一个简单的序列处理工具的想法。

nginx调试系列之一

2017-09-06
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nginx调试系列之一 这是这个系列的第一篇,用nginx部署网站总是会遇到这样那样的问题,这个系列用于记录我在调试过程中的各种问题,好记性不如烂笔头。 nginx version: nginx/1.10.2 我的一个Python应用,使用gunicorn+nginx部署,用chrome浏览器打开某些网页时在chrome的控制台会出现这样的错误: {代码...} 于是我就去...