主要观点：nf-core 社区即将迁移到 Seqera Containers 系统，以解决 BioContainers 存在的问题并提供新功能。
关键信息：

• 软件容器是现代生物信息学工作流的重要部分，nf-core 管道提供多种容器选项。
• 迁移到 Seqera Containers 的原因包括 BioContainers 的困难（如 mulled 图像、Singularity 图像可用性慢、API 不可靠、托管可靠性问题等）以及想要的新功能（如 Conda 锁定文件、简化开发者工作流程、更好的透明度等）。
• Seqera Containers 基于 Wave 工具，按需生成容器，与 BioContainers 主要区别在于构建时间，Seqera Containers 更灵活可扩展。
• 迁移将涉及 nf-core/modules 自动化、工具更新等多个步骤，预计 2024 年底完成。
• Seqera Containers 与 BioContainers 在多个方面有差异，如支持的包、构建日志等。
• 迁移将使多包容器供应更易，解决 Singularity 图像延迟问题，改善可靠性，提高可重复性和透明度。
  重要细节：
• nf-core 模块通常带有 conda environment.yml，BioContainers 自动为 Bioconda 工具构建容器图像。
• Seqera Containers 允许基于 Conda 或 PyPI 包请求容器图像，构建后保存供后续使用。
• Luke Pembleton 有关于制作 mulled BioContainer 的博客，nf-core 社区也有相关网页帮助获取容器名称。
• nf-core 迁移计划在 nf-core 指导小组、核心团队和维护者团队中讨论，相关工作在 GitHub 问题中跟踪。
• Seqera Containers 图像可在 nf-core/modules 中使用，开发者只需编辑 environment.yml，其他步骤自动化。
• Seqera Containers 提供增强的可重复性，通过使用 conda 锁定文件，模块级 meta.yml 存储容器 URI 等方式实现。
• 新的信任和透明度机制包括 community.wave.seqera.io 基础 URI、包含输入文件哈希的图像 URI、完整的构建细节等。
• 使用 Seqera Containers 没有锁定，工具生成是开源的，长期托管可切换到其他容器注册表。
• 对于用户，迁移后无需改变，Conda 用户受益于更快的环境解析和更稳定的软件；对于开发者，维护工作将更轻松，新软件可快速使用。