主要观点：nf-core 采用 Wave 实现软件容器构建自动化，将容器迁移至 Seqera Containers 平台，以提高软件环境的重现性和可靠性。

关键信息：

• 模块层面：模块贡献者通过编辑environment.yml更新软件依赖，自动化处理容器构建（Docker、Singularity 等），并在meta.yml中记录容器信息，包括不同架构的名称、构建 ID 和扫描 ID 等。
• 管道层面：为每个软件打包类型和平台自动生成配置文件，nextflow.config导入这些配置文件，根据所选配置文件使用相应的容器或 Conda 环境，还提供了新的_arm和_oras后缀的配置文件。
• 自动化流程：包括更新 Conda 包、容器图像创建、nf-test 版本快照、自动版本更新（Renovate）等，确保软件依赖及时更新且测试通过后自动合并 PR，减少手动干预。
• 边缘情况：存在一些无法使用自动化的边缘情况，如本地模块、部分无法在 Bioconda 打包的工具等，需要手动更新容器声明。
• 后续工作：列出了完成此项目所需的多项工作，包括改进nextflow inspect、添加和 lint 模块 Renovate 注释等，预计在 2024 年底完成大部分工作。

重要细节：

• Conda 锁文件可精确记录依赖栈，提高 Conda 用户环境的重现性和 Conda CI 测试的可靠性。
• Singularity 使用oras://协议有优势（如减少资源占用、支持私有仓库认证等），但也有一些限制（如不使用共享缓存、下载时需安装 Singularity 等）。
• 自动化过程中，通过wave-cli构建容器图像，nf-test 用于验证容器生成的正确性，Renovate 自动更新软件版本。
• 配置文件的生成和更新机制，以及在不同情况下（如模块导入、管道运行等）如何使用这些配置文件。
• 对于边缘情况，可手动更新容器声明或使用自定义容器，并可在 quay.io 存储自定义容器。
• 未来工作包括改进nextflow inspect、完善 nf-core/tools 和 nf-core/modules 的相关功能等。