安装 NetCDF 和 R 的 'ncdf'

主要观点:对于处理大型网格数据集,应使用 Unidata 的网络通用数据格式 NetCDF,许多高端分析软件可支持它,此简要文章介绍在 CentOS、Ubuntu 和 Mac OSX 上安装 NetCDF 库和 R 的“ncdf”包的最简方法。
关键信息:

  • CentOS 6.x:去http://fedoraproject.org/wiki/EPEL获取最新 EPEL 版本,下载并安装 epel-release-6-8.noarch.rpm,然后用 yum 安装 netcdf 和 netcdf-devel;安装 R 包“ncdf”时,下载 ncdf_1.6.6.tar.gz 并使用 sudo R CMD INSTALL 安装,需指定 --with-netcdf-include 和 --with-netcdf-lib 路径。
  • Ubuntu 12.04:用 apt-get 安装 NetCDF 库,打开终端输入 sudo apt-get install netcdf;在 R 中安装“ncdf”包,需以 root 身份启动 R 并使用 install.packages 命令,可替换“http://cran.fhcrc.org/”为最近的 CRAN 镜像。
  • OSX 10.8.4:使用 Macports 安装 NetCDF 最简单,安装完成后用 sudo port install netcdf 即可;安装 R 包“ncdf”可从 CRAN 下载或在 RStudio 中点击“安装包”按钮,但其查看 nc 文件内容的功能有限,安装 NetCDF 命令行工具很重要。
    重要细节:
  • CentOS 中添加 EPEL 包存档后需手动安装 netcdf 和 netcdf-dev。
  • Ubuntu 12.04 中 base 版本 R 为 2.14.1,在 RStudio 中直接点击安装按钮安装“ncdf”包仅在用户级别可用。
  • OSX 中通过 Macports 安装 NetCDF 后可获取更多安装 Fortran 和 Python API 的详细信息。
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