有没有办法保证 NetworkX 的分层输出？

Question

我正在尝试 生成树 结构的流程图。我已经能够使用 networkx 创建具有代表性的图形，但我需要一种在输出绘图时显示 树 结构的方法。我正在使用 matplotlib.pylab 绘制图表。

我需要以类似于 此处 显示的结构显示数据。虽然我没有子图。

我如何保证这样的结构？

非信徒的例子：

我已经能够使用 pylab 和 graphviz 显示图表，但都没有提供我正在寻找的树结构。我已经尝试了 networkx 必须提供的每个布局，但没有一个显示 层次结构。我只是不确定要给它什么 选项/模式， 或者 我是否需要使用权重。任何建议都会有所帮助。

@jterrace：

这是我用来制作上面的图的粗略轮廓。我添加了一些标签，但除此之外是一样的。

 import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.Graph()

G.add_node("ROOT")

for i in xrange(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

plt.title("draw_networkx")
nx.draw_networkx(G)

plt.show()

原文由 max 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 1

如果您使用有向图，那么 Graphviz 点布局将对树执行您想要的操作。这是一些类似于上述解决方案的代码，展示了如何做到这一点

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
nx.nx_agraph.write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos=graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False)
plt.savefig('nx_test.png')

更新

这是针对 networkx-2.0 更新的版本（以及即将推出的 networkx-2.1 也绘制了箭头）。

 import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot, graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos =graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=True)
plt.savefig('nx_test.png')

原文由 Aric 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 2

您可以使用 pygraphviz 来接近：

 >>> import pygraphviz
>>> import networkx
>>> import networkx as nx
>>> G = nx.Graph()
>>> G.add_node("ROOT")
>>> for i in xrange(5):
...     G.add_node("Child_%i" % i)
...     G.add_node("Grandchild_%i" % i)
...     G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
...     G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

>>> A = nx.to_agraph(G)
>>> A.layout('dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".2" -Nheight=".2" -Nmargin=0 -Gfontsize=8')
>>> A.draw('test.png')

结果：

请注意，我从您在上面发布的链接中复制了 graphviz 选项。我不确定为什么第四个孩子画在上面而不是严格垂直的格式。也许对 Graphviz 选项了解更多的人可以提供帮助。

原文由 jterrace 发布，翻译遵循 CC BY-SA 3.0 许可协议