分享一篇2022年9月发表在Front Physiol（IF：4.755）的文章《Identification of hub genes associated with acute kidney injury induced by renal ischemia-reperfusion injury in mice》（PMID: 36246123），作者通过对基因表达数据的综合分析，为缺血再灌注损伤-急性肾损伤的发病机制提供新的潜在生物标志物和见解。...

（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。...

今天小编分享一篇2022年9月发表在Front Endocrinol (Lausanne)的文章(IF :6.055)，题目为“Identification of hub genes for early detection of bone metastasis in breast cancer”。

一位海德堡大学在读博士收到的官方回复邮件更是被多家媒体转载，其中明确提出，「自 2025 年 4 月 4 日起，国家卫生研究院将禁止特定国家的研究人员和机构，访问任何涉及国家卫生研究院 CADRS 和相关数据的正在进行中的项目，并将会终止这些项目。这些特定国家包括中国（含香港和澳门）、俄罗斯、伊朗、朝鲜、古巴和委内...

TOP DB 热门数据库索引是通过分析在 Google 上搜索数据库名称的频率创建的,搜索数据库越多，假定数据库越流行。原始数据来自 Google 趋势(Google Trends)。

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ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的来源中使用预定义的注释，ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。

都知道上太空遇到的辐射，肯定对人体有害——但究竟怎么个「害」法？具体造成哪些影响？详细研究和结论似乎不多。最近，纽约一家顶尖私立医学院公布了一项研究结论，他们收集了一些宇航员血液样本，对比了其中变异情况——结果发现，每个样本都有基因突变。据作者介绍，该项目发现的突变，在很多研究中已表明与癌症、白血病...

随着生物信息学的不断发展，基因组学研究逐渐深入到对群体遗传多样性的探索，泛基因组研究应运而生。在泛基因组研究中，数据的可视化呈现成为理解、分析复杂基因组数据的关键环节。袋鼠云数智应用与国内某双一流生物信息研究小组合作，自研完成国产化泛基因组可视化算法与应用，是袋鼠云进军基因科研/医疗科研行业的重要...

转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。通常情况下，植物的表型差异可能由许多因素控制，其中包括基因的转录环节，不同基因的转录情况有所不同，可能会使表型发生变化。

在Excel里输入证件号的时候，你是否有过数字秒变科学计数法的抓狂经历？让人万万没想到的是，Excel类似这样的功能，竟然在过去一年里，导致27种人类基因被重新命名。因为这些基因符号，总被Excel误读为日期。比如一个名为MARCH1（Membrane Associated Ring-CH Type Finger 1）的基因，当你将其输入到Excel中……2016年的一...

获得基因组后可以进行的主要比较分析之一是可视化与密切相关物种的同线性。基因组的许多特征可以通过良好的点图轻松突出显示。可以从这些点图中识别结构变化，例如倒置、删除、重复和插入。

AnalyticDB for MySQL是云端托管的PB级高并发低延时数据仓库，通过AnalyticDB for MySQL向量检索功能构建基因检索系统，支持毫秒级针对10亿级别的向量数据进行查询分析，更加快速、高效地为新冠肺炎病毒防控、研发治疗药物以及相关疫苗提供帮助。

最近在学习一篇群体转录组和eQTLs相关的文献，做一个简单的笔记。该论文分析了287份材料的转录组数据，并在一个远端eQTL调控热点中鉴定到一个关键转录因子，它能够激活下游抗毒素合成相关基因的表达，从而影响水稻抗毒素的代谢水平和抗病性。文章篇幅比较长，可能会分成好几期。

兴坤 发自 凹非寺 量子位 报道 | 公众号 QbitAI找到正确的道路，作物增产50%不是梦。传统的农业生产方式，对产量的提升程度有限。为了寻找新的突破，北大研究团队从动物中做文章，利用动物肥胖基因让植物“增肥”。动物的基因在植物里能起到作用的，当然不是脂肪合成。控制脂肪合成的基因，要如何工作还受另外的基因控制。...

病原体基因检测，为各种严重感染的诊断提供了基础。病原体检测流程分成五个步骤：（1）采集病人的样本，比方说静脉血，痰液，肺泡灌洗液，或者脑脊髓液等。（2）对样本进行培养，提取样本中的核酸组织。（3）通过高通量基因测序仪，对核酸序列进行测序。高通量测序为了保证精度，会将很长的核苷酸序列，切成小的分片，分...

redo log 和 binlog 是 MySQL 数据库中的两种日志文件，它们都可以用于恢复数据库。但是它们记录的内容、位置、时机、方式和作用都有所不同。

癌症难治，罪魁祸首竟然是你！在癌症治疗领域，曾经存在过三次革命：第一次革命：化疗； 第二次革命：靶向疗法； 第三次革命：免疫疗法。如今，随着一篇Nature论文的发布，又兴起了“第四次革命”的说法，主角居然是染色体外DNA (ecDNA) 。虽然上世纪60年代便有人发现了这种环状DNA的存在，也知道它会携带癌基因；但从前没...

摘要早上好，今天小编分享一篇2022年10月发表在Frontiers in Neuroscience（IF=5.152）的文章，作者利用生物信息学方法确定颞叶癫痫病理过程中涉及的炎症相关基因(IRGs)和免疫细胞浸润模式。背景&方法背景：颞叶癫痫（Temporal lobe epilepsy，TLE）是一种常见的脑部疾病。然而，TLE的发病机制及其与免疫浸润的关系尚不...

【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。