分享一篇2022年9月发表在Front Physiol（IF：4.755）的文章《Identification of hub genes associated with acute kidney injury induced by renal ischemia-reperfusion injury in mice》（PMID: 36246123），作者通过对基因表达数据的综合分析，为缺血再灌注损伤-急性肾损伤的发病机制提供新的潜在生物标志物和见解。...

（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。...

今天小编分享一篇2022年9月发表在Front Endocrinol (Lausanne)的文章(IF :6.055)，题目为“Identification of hub genes for early detection of bone metastasis in breast cancer”。

TOP DB 热门数据库索引是通过分析在 Google 上搜索数据库名称的频率创建的,搜索数据库越多，假定数据库越流行。原始数据来自 Google 趋势(Google Trends)。

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ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的来源中使用预定义的注释，ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。

转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。通常情况下，植物的表型差异可能由许多因素控制，其中包括基因的转录环节，不同基因的转录情况有所不同，可能会使表型发生变化。

随着生物信息学的不断发展，基因组学研究逐渐深入到对群体遗传多样性的探索，泛基因组研究应运而生。在泛基因组研究中，数据的可视化呈现成为理解、分析复杂基因组数据的关键环节。袋鼠云数智应用与国内某双一流生物信息研究小组合作，自研完成国产化泛基因组可视化算法与应用，是袋鼠云进军基因科研/医疗科研行业的重要...

【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。

摘要早上好，今天小编分享一篇2022年10月发表在Frontiers in Neuroscience（IF=5.152）的文章，作者利用生物信息学方法确定颞叶癫痫病理过程中涉及的炎症相关基因(IRGs)和免疫细胞浸润模式。背景&方法背景：颞叶癫痫（Temporal lobe epilepsy，TLE）是一种常见的脑部疾病。然而，TLE的发病机制及其与免疫浸润的关系尚不...

AnalyticDB for MySQL是云端托管的PB级高并发低延时数据仓库，通过AnalyticDB for MySQL向量检索功能构建基因检索系统，支持毫秒级针对10亿级别的向量数据进行查询分析，更加快速、高效地为新冠肺炎病毒防控、研发治疗药物以及相关疫苗提供帮助。

2019年年底，中国的新兴的商业中心武汉，爆发了一种新型的冠状病毒，在流行的两个多月中，在中国造成了3300多人死亡，8万2千多人感染。随着疫情的进一步蔓延，目前已经横跨了109个国家，造成了80多万人感染，4万多人失去了生命。到目前为止，疫情使得50多个国家停摆，全世界范围内造成了数千亿美元的经济损失。阿里云提...

【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。

数据库日志记录了用户对数据库的各种操作及数据库发生的各种事件。能帮助数据库管理员追踪、分析问题。MySQL提供了错误日志、二进制日志、查询日志、慢查询日志。

早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《Frontiers in Immunology》（IF:5.0）期刊上的文章《A necroptosis related prognostic model of pancreatic cancer based on single cell sequencing analysis and transcriptome analysis》。作者使用单细胞测序分析和转录组分析构建了胰腺癌坏死性凋亡相关特征。本研究...

病原体基因检测，为各种严重感染的诊断提供了基础。病原体检测流程分成五个步骤：（1）采集病人的样本，比方说静脉血，痰液，肺泡灌洗液，或者脑脊髓液等。（2）对样本进行培养，提取样本中的核酸组织。（3）通过高通量基因测序仪，对核酸序列进行测序。高通量测序为了保证精度，会将很长的核苷酸序列，切成小的分片，分...

CoveragePlot() 函数通常用于计算基因组区域内不同细胞群体的信号总和，但有时候，也需要单独查看单个细胞在基因组区域内的序列化片段频率，而不是将它们聚合起来。这时，TilePlot() 函数就能派上用场。

获得基因组后可以进行的主要比较分析之一是可视化与密切相关物种的同线性。基因组的许多特征可以通过良好的点图轻松突出显示。可以从这些点图中识别结构变化，例如倒置、删除、重复和插入。

一共是3个数据集。应该分别对应了3种介质，IRE1(IREα), PERK, ATF6数据集横向是cell barcode(CBC)，不同barcode对应不同的1类细胞；纵向是gene symbol，类似于基因名字、基因ID。

2019年年底，中国的新兴的商业中心武汉，爆发了一种新型的冠状病毒，在流行的两个多月中，在中国造成了3300多人死亡，8万2千多人感染。随着疫情的进一步蔓延，目前已经横跨了109个国家，造成了80多万人感染，4万多人失去了生命。到目前为止，疫情使得50多个国家停摆，全世界范围内造成了数千亿美元的经济损失。阿里云提...