pycharm项目的顶层目录不能作为package吗？

Question

比如项目的顶层目录为App，App下有__init__.py文件，但App没有被pycharm识别为包，
在__init__.py中定义变量a，在App下某文件中写from App import a 会提示错误。

Answer 1

抛开pycharm支持不支持，这样的用法有点危险，或者说是不推荐的，__init__.py作用主要是为了暴露接口给外部的，而非面向内部的，试想下面的结构:

App
   __init__.py
   func.py 

__init__.py本身是做为pakcage的接口暴露东西给外部调用的，你期望在__init__.py里配置一些被导出的接口，假设__init__.py里是期望导出func.py的,但你又在func.py里引入__init__.py里定义的变量，这样交叉引用，不推荐。
可以如下做个测试:

a.py

内容是

print "a import"
import b

b.py的内容是

print "b import"
import a 

不管是导入a还是导入b，你会发现都存在一个模块被import两次的情况,所以更合适的方法是不要把模块内部依赖的接口或变量或宏定义在__init__.py里，__init__.py里的东西只是暴露给外部用的。
其次，你可以通过右键配置pycharm来设置source root,方法如下:

在pycharm里，根是被当做project处理的，而非package，这里的project是pycharm抽象出来的一个概念，可以在代码里控制下sys.path来确定加载哪些目录，但如前面所说，这样的引用方式是不被推荐的。

Answer 2

项目的顶层目录是作为容器存在的，容器并非包，在这个目录下的__init__.py会被忽略，并不会被解释执行。
更详细内容你可以看《Python学习手册》中关于模块包的章节。