android 里apply plugin 插件，插件对.class文件会有什么影响？

Question

gradle里dependencies下那些三方库，和apply plugin引进的插件，这两者在apk打包时，被打进apk的过程中，有没有什么明显的区别，或者说插件会对.class文件产生什么影响？
问题来源于：只有release包会crash，日志抛出插件b报错：NoSuchMethod,怀疑插件a影响了插件b的sdk。另外又怀疑时混淆影响了插件b的sdk。
搜了下，没收到什么相关资料。来此求教。
谢谢！