如何合并origin master的文件夹？

Question

github上面已经有project1 project2.

我在本机上修改了project2 (当初project1 project2都不是本机推送的).

如何用本机上的project2 替换github repo里的project2?

如果直接从本机推送project2到github，将出现这样的情形。

github上面已经有project1 project2 将变成 只有一个文件夹 project2 .

怎么办呢？