Android productflavors 多渠道打包中java目录的文件没有合并？

Question

我的build.gradle 配置：
···

flavorDimensions "default"
productFlavors {

    free {
        dimension "default"
        applicationId "com.android.hello.free"
    }

    pro {
        dimension "default"
        applicationId "com.android.hello.pro"
    }
}

···
情况是这样的：

1. 我clean完项目，然后点击运行，app是正常运行的
2. 然后我随便改动一行代码，再点击运行，那么就会出现问题，出现崩溃说类找不到。
3. 此时我如果再clean后运行又能正常运行

基于上面的现象，我查看了apk包内的文件，发现java文件没有合并。很奇怪，按照官方文档和网上的资料，我的集成应该是没问题，问题是为什么合并。我使用android studio 版本为3.1.3。

希望有人能够解答