Linux 上的 memcpy 性能不佳

新手上路,请多包涵

我们最近购买了一些新服务器,但 memcpy() 性能不佳。与我们的笔记本电脑相比,服务器上的 memcpy() 性能要慢 3 倍。

服务器规格

  • 机箱和主板:SUPER MICRO 1027GR-TRF
  • CPU:2x Intel Xeon E5-2680 @ 2.70 Ghz
  • 内存:8x 16GB DDR3 1600MHz

我还在另一台规格稍高的服务器上进行测试,并看到与上述服务器相同的结果。

服务器 2 规格

  • 机箱和主板:SUPER MICRO 10227GR-TRFT
  • CPU:2x Intel Xeon E5-2650 v2 @ 2.6 Ghz
  • 内存:8x 16GB DDR3 1866MHz

笔记本电脑规格

  • 机箱:联想W530
  • CPU:1x Intel Core i7 i7-3720QM @ 2.6Ghz
  • 内存:4x 4GB DDR3 1600MHz

操作系统

$ cat /etc/redhat-release
Scientific Linux release 6.5 (Carbon)
$ uname -a
Linux r113 2.6.32-431.1.2.el6.x86_64 #1 SMP Thu Dec 12 13:59:19 CST 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

编译器(在所有系统上)

 $ gcc --version
gcc (GCC) 4.6.1

还根据@stefan 的建议使用 gcc 4.8.2 进行了测试。编译器之间没有性能差异。

测试代码

下面的测试代码是一个固定测试,用于复制我在生产代码中看到的问题。我知道这个基准很简单,但它能够利用和识别我们的问题。该代码在它们之间创建了两个 1GB 缓冲区和 memcpy,对 memcpy 调用进行计时。您可以使用以下命令在命令行上指定备用缓冲区大小: ./big_memcpy_test [SIZE_BYTES]

 #include <chrono>
#include <cstring>
#include <iostream>
#include <cstdint>

class Timer
{
 public:
  Timer()
      : mStart(),
        mStop()
  {
    update();
  }

  void update()
  {
    mStart = std::chrono::high_resolution_clock::now();
    mStop  = mStart;
  }

  double elapsedMs()
  {
    mStop = std::chrono::high_resolution_clock::now();
    std::chrono::milliseconds elapsed_ms =
        std::chrono::duration_cast<std::chrono::milliseconds>(mStop - mStart);
    return elapsed_ms.count();
  }

 private:
  std::chrono::high_resolution_clock::time_point mStart;
  std::chrono::high_resolution_clock::time_point mStop;
};

std::string formatBytes(std::uint64_t bytes)
{
  static const int num_suffix = 5;
  static const char* suffix[num_suffix] = { "B", "KB", "MB", "GB", "TB" };
  double dbl_s_byte = bytes;
  int i = 0;
  for (; (int)(bytes / 1024.) > 0 && i < num_suffix;
       ++i, bytes /= 1024.)
  {
    dbl_s_byte = bytes / 1024.0;
  }

  const int buf_len = 64;
  char buf[buf_len];

  // use snprintf so there is no buffer overrun
  int res = snprintf(buf, buf_len,"%0.2f%s", dbl_s_byte, suffix[i]);

  // snprintf returns number of characters that would have been written if n had
  //       been sufficiently large, not counting the terminating null character.
  //       if an encoding error occurs, a negative number is returned.
  if (res >= 0)
  {
    return std::string(buf);
  }
  return std::string();
}

void doMemmove(void* pDest, const void* pSource, std::size_t sizeBytes)
{
  memmove(pDest, pSource, sizeBytes);
}

int main(int argc, char* argv[])
{
  std::uint64_t SIZE_BYTES = 1073741824; // 1GB

  if (argc > 1)
  {
    SIZE_BYTES = std::stoull(argv[1]);
    std::cout << "Using buffer size from command line: " << formatBytes(SIZE_BYTES)
              << std::endl;
  }
  else
  {
    std::cout << "To specify a custom buffer size: big_memcpy_test [SIZE_BYTES] \n"
              << "Using built in buffer size: " << formatBytes(SIZE_BYTES)
              << std::endl;
  }


  // big array to use for testing
  char* p_big_array = NULL;

  ////////////
  // malloc
  {
    Timer timer;

    p_big_array = (char*)malloc(SIZE_BYTES * sizeof(char));
    if (p_big_array == NULL)
    {
      std::cerr << "ERROR: malloc of " << SIZE_BYTES << " returned NULL!"
                << std::endl;
      return 1;
    }

    std::cout << "malloc for " << formatBytes(SIZE_BYTES) << " took "
              << timer.elapsedMs() << "ms"
              << std::endl;
  }

  ////////////
  // memset
  {
    Timer timer;

    // set all data in p_big_array to 0
    memset(p_big_array, 0xF, SIZE_BYTES * sizeof(char));

    double elapsed_ms = timer.elapsedMs();
    std::cout << "memset for " << formatBytes(SIZE_BYTES) << " took "
              << elapsed_ms << "ms "
              << "(" << formatBytes(SIZE_BYTES / (elapsed_ms / 1.0e3)) << " bytes/sec)"
              << std::endl;
  }

  ////////////
  // memcpy
  {
    char* p_dest_array = (char*)malloc(SIZE_BYTES);
    if (p_dest_array == NULL)
    {
      std::cerr << "ERROR: malloc of " << SIZE_BYTES << " for memcpy test"
                << " returned NULL!"
                << std::endl;
      return 1;
    }
    memset(p_dest_array, 0xF, SIZE_BYTES * sizeof(char));

    // time only the memcpy FROM p_big_array TO p_dest_array
    Timer timer;

    memcpy(p_dest_array, p_big_array, SIZE_BYTES * sizeof(char));

    double elapsed_ms = timer.elapsedMs();
    std::cout << "memcpy for " << formatBytes(SIZE_BYTES) << " took "
              << elapsed_ms << "ms "
              << "(" << formatBytes(SIZE_BYTES / (elapsed_ms / 1.0e3)) << " bytes/sec)"
              << std::endl;

    // cleanup p_dest_array
    free(p_dest_array);
    p_dest_array = NULL;
  }

  ////////////
  // memmove
  {
    char* p_dest_array = (char*)malloc(SIZE_BYTES);
    if (p_dest_array == NULL)
    {
      std::cerr << "ERROR: malloc of " << SIZE_BYTES << " for memmove test"
                << " returned NULL!"
                << std::endl;
      return 1;
    }
    memset(p_dest_array, 0xF, SIZE_BYTES * sizeof(char));

    // time only the memmove FROM p_big_array TO p_dest_array
    Timer timer;

    // memmove(p_dest_array, p_big_array, SIZE_BYTES * sizeof(char));
    doMemmove(p_dest_array, p_big_array, SIZE_BYTES * sizeof(char));

    double elapsed_ms = timer.elapsedMs();
    std::cout << "memmove for " << formatBytes(SIZE_BYTES) << " took "
              << elapsed_ms << "ms "
              << "(" << formatBytes(SIZE_BYTES / (elapsed_ms / 1.0e3)) << " bytes/sec)"
              << std::endl;

    // cleanup p_dest_array
    free(p_dest_array);
    p_dest_array = NULL;
  }

  // cleanup
  free(p_big_array);
  p_big_array = NULL;

  return 0;
}

要构建的 CMake 文件

project(big_memcpy_test)
cmake_minimum_required(VERSION 2.4.0)

include_directories(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR})

# create verbose makefiles that show each command line as it is issued
set( CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE ON CACHE BOOL "Verbose" FORCE )
# release mode
set( CMAKE_BUILD_TYPE Release )
# grab in CXXFLAGS environment variable and append C++11 and -Wall options
set( CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++0x -Wall -march=native -mtune=native" )
message( INFO "CMAKE_CXX_FLAGS = ${CMAKE_CXX_FLAGS}" )

# sources to build
set(big_memcpy_test_SRCS
  main.cpp
)

# create an executable file named "big_memcpy_test" from
# the source files in the variable "big_memcpy_test_SRCS".
add_executable(big_memcpy_test ${big_memcpy_test_SRCS})

试验结果

Buffer Size: 1GB | malloc (ms) | memset (ms) | memcpy (ms) | NUMA nodes (numactl --hardware)
---------------------------------------------------------------------------------------------
Laptop 1         | 0           | 127         | 113         | 1
Laptop 2         | 0           | 180         | 120         | 1
Server 1         | 0           | 306         | 301         | 2
Server 2         | 0           | 352         | 325         | 2

如您所见,我们服务器上的 memcpy()memset() 比我们的笔记本电脑慢得多。

不同的缓冲区大小

我尝试了从 100MB 到 5GB 的缓冲区,结果都相似(服务器比笔记本电脑慢)。

NUMA 亲和力

我读到有人在使用 NUMA 时遇到性能问题,所以我尝试使用 numactl 设置 CPU 和内存关联,但结果保持不变。

服务器 NUMA 硬件:

 $ numactl --hardware
available: 2 nodes (0-1)
node 0 cpus: 0 1 2 3 4 5 6 7 16 17 18 19 20 21 22 23
node 0 size: 65501 MB
node 0 free: 62608 MB
node 1 cpus: 8 9 10 11 12 13 14 15 24 25 26 27 28 29 30 31
node 1 size: 65536 MB
node 1 free: 63837 MB
node distances:
node   0   1
  0:  10  21
  1:  21  10

笔记本电脑 NUMA 硬件:

 $ numactl --hardware
available: 1 nodes (0)
node 0 cpus: 0 1 2 3 4 5 6 7
node 0 size: 16018 MB
node 0 free: 6622 MB
node distances:
node   0
  0:  10

设置 NUMA 亲和性:

 $ numactl --cpunodebind=0 --membind=0 ./big_memcpy_test

非常感谢任何解决此问题的帮助。

编辑:GCC 选项

我尝试使用不同的 GCC 选项进行编译:

编译 -march-mtune 设置为本机

g++ -std=c++0x -Wall -march=native -mtune=native -O3 -DNDEBUG -o big_memcpy_test main.cpp

结果:完全相同的性能

-O2 而不是 -O3 编译

g++ -std=c++0x -Wall -march=native -mtune=native -O2 -DNDEBUG -o big_memcpy_test main.cpp

结果:完全相同的性能

编辑:更改 memset() 写入 0xF 而不是 0 以避免 NULL 页

结果:完全相同的性能

编辑:Cachebench 结果

为了排除我的测试程序过于简单,我下载了一个真正的基准测试程序 LLCCacheBench

我分别在每台机器上构建了基准测试以避免架构问题。下面是我的结果。

笔记本电脑与服务器 memcpy 性能

请注意,非常大的差异是较大缓冲区大小的性能。最后测试的大小 (16777216) 在笔记本电脑上以 18849.29 MB/秒的速度运行,在服务器上以 6710.40 的速度运行。这大约是性能差异的 3 倍。您还可以注意到,服务器的性能下降比笔记本电脑要严重得多。

编辑: memmove() 比服务器上的 memcpy() 2 倍

根据一些实验,我尝试在我的测试用例中使用 memmove() 而不是 memcpy() 并且发现服务器的性能提高了 2 倍。 memmove() 在笔记本电脑上的运行速度比 memcpy() 慢,但奇怪的是运行速度与服务器上的 memmove() 相同。这就引出了一个问题,为什么 memcpy() 这么慢?

更新代码以测试 memmove() 以及 memcpy() 。我不得不将 memmove() 包装在一个函数中,因为如果我将其保留为内联 GCC 会对其进行优化并执行与 memcpy() 完全相同的操作(我假设 GCC 将其优化为 memcpy() 因为它知道这些位置没有重叠)。

更新结果:

 Buffer Size: 1GB | malloc (ms) | memset (ms) | memcpy (ms) | memmove() | NUMA nodes (numactl --hardware)
---------------------------------------------------------------------------------------------------------
Laptop 1         | 0           | 127         | 113         | 161       | 1
Laptop 2         | 0           | 180         | 120         | 160       | 1
Server 1         | 0           | 306         | 301         | 159       | 2
Server 2         | 0           | 352         | 325         | 159       | 2

编辑:天真 memcpy()

我已经实现了自己的 memcpy() 的幼稚版本并对其进行了测试:

naiveMemcpy() 来源

void naiveMemcpy(void* pDest, const void* pSource, std::size_t sizeBytes)
{
  char* p_dest = (char*)pDest;
  const char* p_source = (const char*)pSource;
  for (std::size_t i = 0; i < sizeBytes; ++i)
  {
    *p_dest++ = *p_source++;
  }
}

naiveMemcpy() 结果与 memcpy() 相比:

 Buffer Size: 1GB | memcpy (ms) | memmove(ms) | naiveMemcpy()
------------------------------------------------------------
Laptop 1         | 113         | 161         | 160
Server 1         | 301         | 159         | 159
Server 2         | 325         | 159         | 159

编辑:装配输出

简单 memcpy() 来源:

 #include <cstring>
#include <cstdlib>

int main(int argc, char* argv[])
{
  size_t SIZE_BYTES = 1073741824; // 1GB

  char* p_big_array  = (char*)malloc(SIZE_BYTES * sizeof(char));
  char* p_dest_array = (char*)malloc(SIZE_BYTES * sizeof(char));

  memset(p_big_array,  0xA, SIZE_BYTES * sizeof(char));
  memset(p_dest_array, 0xF, SIZE_BYTES * sizeof(char));

  memcpy(p_dest_array, p_big_array, SIZE_BYTES * sizeof(char));

  free(p_dest_array);
  free(p_big_array);

  return 0;
}

组装输出:这在服务器和笔记本电脑上完全相同。

         .file   "main_memcpy.cpp"
        .section        .text.startup,"ax",@progbits
        .p2align 4,,15
        .globl  main
        .type   main, @function
main:
.LFB25:
        .cfi_startproc
        pushq   %rbp
        .cfi_def_cfa_offset 16
        .cfi_offset 6, -16
        movl    $1073741824, %edi
        pushq   %rbx
        .cfi_def_cfa_offset 24
        .cfi_offset 3, -24
        subq    $8, %rsp
        .cfi_def_cfa_offset 32
        call    malloc
        movl    $1073741824, %edi
        movq    %rax, %rbx
        call    malloc
        movl    $1073741824, %edx
        movq    %rax, %rbp
        movl    $10, %esi
        movq    %rbx, %rdi
        call    memset
        movl    $1073741824, %edx
        movl    $15, %esi
        movq    %rbp, %rdi
        call    memset
        movl    $1073741824, %edx
        movq    %rbx, %rsi
        movq    %rbp, %rdi
        call    memcpy
        movq    %rbp, %rdi
        call    free
        movq    %rbx, %rdi
        call    free
        addq    $8, %rsp
        .cfi_def_cfa_offset 24
        xorl    %eax, %eax
        popq    %rbx
        .cfi_def_cfa_offset 16
        popq    %rbp
        .cfi_def_cfa_offset 8
        ret
        .cfi_endproc
.LFE25:
        .size   main, .-main
        .ident  "GCC: (GNU) 4.6.1"
        .section        .note.GNU-stack,"",@progbits

进步!!!! asmlib

根据@tbenson 的建议,我尝试使用 memcpy()asmlib 版本运行。我的结果最初很差,但是在将 SetMemcpyCacheLimit() 更改为 1GB(我的缓冲区大小)之后,我的运行速度与我幼稚的 for 循环相当!

坏消息是 memmove() 的 asmlib 版本比 glibc 版本慢,它现在以 300 毫秒的速度运行(与 memcpy() 的 glibc 版本相当)。奇怪的是,当我在笔记本电脑上大量使用 SetMemcpyCacheLimit() 时,它会损害性能……

在下面的结果中,标有 SetCache 的行将 SetMemcpyCacheLimit 设置为 1073741824。没有 SetCache 的结果不会调用 SetMemcpyCacheLimit()

使用 asmlib 中的函数的结果:

 Buffer Size: 1GB  | memcpy (ms) | memmove(ms) | naiveMemcpy()
------------------------------------------------------------
Laptop            | 136         | 132         | 161
Laptop SetCache   | 182         | 137         | 161
Server 1          | 305         | 302         | 164
Server 1 SetCache | 162         | 303         | 164
Server 2          | 300         | 299         | 166
Server 2 SetCache | 166         | 301         | 166

开始倾向于缓存问题,但这会导致什么?

原文由 nick 发布,翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

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2 个回答

[我会发表评论,但没有足够的声誉这样做。]

我有一个类似的系统并看到类似的结果,但可以添加一些数据点:

  • 如果你颠倒你天真的 memcpy 的方向(即转换为 *p_dest-- = *p_src-- ),那么你可能会得到比正向更差的性能(对我来说约为 637 毫秒)。 glibc 2.12 中的 memcpy() 发生了变化,这暴露了几个在重叠缓冲区( http://lwn.net/Articles/414467/ )上调用 memcpy 的错误,我相信这个问题是由切换到向后运行的 memcpy 版本引起的。因此,向后与向前拷贝可以解释 memcpy() / memmove() 差异。
  • 不使用非临时存储似乎更好。许多优化的 memcpy() 实现切换到非临时存储(不缓存)用于大缓冲区(即大于最后一级缓存)。我测试了 Agner Fog 的 memcpy 版本( http://www.agner.org/optimize/#asmlib ),发现它的速度与 glibc 中的版本大致相同。但是, asmlib 有一个功能( SetMemcpyCacheLimit ),允许设置使用非临时存储的阈值。将该限制设置为 8GiB(或仅大于 1 GiB 缓冲区)以避免非临时存储在我的情况下使性能翻倍(时间降至 176 毫秒)。当然,这仅与正向的幼稚表现相匹配,因此并不出色。
  • 这些系统上的 BIOS 允许启用/禁用四种不同的硬件预取器(MLC Streamer Prefetcher、MLC Spatial Prefetcher、DCU Streamer Prefetcher 和 DCU IP Prefetcher)。我尝试禁用每个设置,但这样做最多可以保持性能平衡并降低一些设置的性能。
  • 禁用运行平均功率限制 (RAPL) DRAM 模式没有影响。
  • 我可以访问其他运行 Fedora 19 (glibc 2.17) 的 Supermicro 系统。使用 Supermicro X9DRG-HF 板、Fedora 19 和 Xeon E5-2670 CPU,我看到与上述类似的性能。在运行 Xeon E3-1275 v3 (Haswell) 和 Fedora 19 的 Supermicro X10SLM-F 单插座板上,我看到 memcpy (104ms) 的速度为 9.6 GB/s。 Haswell 系统上的 RAM 为 DDR3-1600(与其他系统相同)。

更新

  • 我将 CPU 电源管理设置为 Max Performance,并在 BIOS 中禁用了超线程。基于 /proc/cpuinfo ,内核的时钟频率为 3 GHz。然而,这奇怪地降低了大约 10% 的内存性能。
  • memtest86+ 4.10 向主内存报告带宽为 9091 MB/s。我找不到这是否对应于读取、写入或复制。
  • STREAM 基准 报告的复制速度为 13422 MB/s,但它们将字节数计为读取和写入的字节数,因此如果我们想与上述结果进行比较,则对应于 ~6.5 GB/s。

原文由 tbenson 发布,翻译遵循 CC BY-SA 3.0 许可协议

这对我来说看起来很正常。

管理具有两个 CPU 的 8x16GB ECC 记忆棒比具有 2x2GB 的单个 CPU 困难得多。您的 16GB 记忆棒是双面内存 + 它们可能具有缓冲区 + ECC(甚至在主板级别禁用)……所有这些都使 RAM 的数据路径更长。您还有 2 个 CPU 共享内存,即使您在另一个 CPU 上什么也不做,也总是很少有内存访问。切换此数据需要一些额外的时间。只需看看与显卡共享一些内存的 PC 上的巨大性能损失。

您的服务器仍然是非常强大的数据泵。我不确定在现实生活中的软件中是否经常复制 1GB,但我确信您的 128GB 比任何硬盘驱动器快得多,甚至是最好的 SSD,这是您可以利用服务器的地方。用 3GB 做同样的测试会让你的笔记本电脑着火。

这看起来像是基于商品硬件的架构如何比大型服务器更高效的完美示例。花在这些大型服务器上的钱能买多少个人电脑?

感谢您提出非常详细的问题。

编辑:( 我花了很长时间写这个答案,我错过了图表部分。)

我认为问题在于数据的存储位置。你能比较一下吗:

  • 测试一:分配两个连续的 500Mb 内存块并从一个复制到另一个(你已经完成了)
  • 测试二:分配 20 个(或更多)500Mb 内存块并从第一个到最后一个复制,因此它们彼此相距很远(即使您无法确定它们的真实位置)。

通过这种方式,您将看到内存控制器如何处理彼此远离的内存块。我认为您的数据放在不同的内存区域中,并且需要在数据路径上的某个点进行切换操作才能与一个区域然后另一个区域进行通信(双面内存存在这样的问题)。

另外,您是否确保线程绑定到一个 CPU ?

编辑2:

内存有几种“区域”分隔符。 NUMA 是一个,但不是唯一一个。例如,两侧的棍子需要一个标志来处理一侧或另一侧。在您的图表上查看即使在笔记本电脑上(没有 NUMA),性能如何随着大块内存而下降。我不确定这一点,但 memcpy 可能使用硬件功能来复制 ram(一种 DMA),并且该芯片的缓存必须比 CPU 少,这可以解释为什么使用 CPU 进行哑副本比 memcpy 更快。

原文由 bokan 发布,翻译遵循 CC BY-SA 3.0 许可协议

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