模块“rpy2.robjects.pandas2ri”没有属性“ri2py”

Question

我正在尝试将 R-dataframe 转换为 Python Pandas DataFrame。我使用以下代码：

 from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()
r_dataframe = r_function(my_dataframe['Numbers'])
print(r_dataframe)
python_dataframe = pandas2ri.ri2py(r_dataframe)

上面的代码在 Jupyter Notebook (Anaconda) 中运行良好。但是，如果我通过终端通过 my_program.py 文件运行此代码，则会出现错误：

 :~$ python3 my_program.py
Traceback (most recent call last):
  File "my_program.py", line 223, in <module>
    python_dataframe = pandas2ri.ri2py(r_dataframe)
AttributeError: module 'rpy2.robjects.pandas2ri' has no attribute 'ri2py'

代码行： print(r_dataframe) 在终端中显示正确的结果。

如果我尝试在 Jupyter Notebook 中使用代码 print(dir(pandas2ri)) 我得到（ 'ri2py' ）：

 ['DataFrame', 'FactorVector', 'FloatSexpVector', 'INTSXP', 'ISOdatetime', 'IntSexpVector', 'IntVector', 'ListSexpVector', 'ListVector', 'OrderedDict', 'POSIXct', 'PandasDataFrame', 'PandasIndex', 'PandasSeries', 'SexpVector', 'StrSexpVector', 'StrVector', 'Vector', '__builtins__', '__cached__', '__doc__', '__file__', '__loader__', '__name__', '__package__', '__spec__', 'activate', 'as_vector', 'conversion', 'converter', 'datetime', 'deactivate', 'dt_O_type', 'dt_datetime64ns_type', 'get_timezone', 'numpy', 'numpy2ri', 'original_converter', 'os', 'pandas', 'py2ri', 'py2ri_categoryseries', 'py2ri_pandasdataframe', 'py2ri_pandasindex', 'py2ri_pandasseries', 'py2ro', 'pytz', 'recarray', 'ri2py', 'ri2py_dataframe', 'ri2py_floatvector', 'ri2py_intvector', 'ri2py_listvector', 'ri2py_vector', 'ri2ro', 'rinterface', 'ro', 'warnings']

如果我尝试在终端中使用相同的代码 print(dir(pandas2ri)) 我得到（ 'rpy2py' ）：

 ['DataFrame', 'FactorVector', 'FloatSexpVector', 'ISOdatetime', 'IntSexpVector', 'IntVector', 'ListSexpVector', 'OrderedDict', 'POSIXct', 'PandasDataFrame', 'PandasIndex', 'PandasSeries', 'Sexp', 'SexpVector', 'StrSexpVector', 'StrVector', '__builtins__', '__cached__', '__doc__', '__file__', '__loader__', '__name__', '__package__', '__spec__', 'activate', 'as_vector', 'conversion', 'converter', 'datetime', 'deactivate', 'default_timezone', 'dt_O_type', 'get_timezone', 'is_datetime64_any_dtype', 'numpy', 'numpy2ri', 'original_converter', 'pandas', 'py2rpy', 'py2rpy_categoryseries', 'py2rpy_pandasdataframe', 'py2rpy_pandasindex', 'py2rpy_pandasseries', 'pytz', 'ri2py_vector', 'rinterface', 'rpy2py', 'rpy2py_dataframe', 'rpy2py_floatvector', 'rpy2py_intvector', 'rpy2py_listvector', 'tzlocal', 'warnings']

事实证明，开发人员已经更改了函数的名称。

原文由 Denis 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 1

您可能正在使用为不同版本的 rpy2 编写的文档/代码，而不是您安装的版本。

如果使用最新版本，请考虑查看它的文档：

https://rpy2.github.io/doc/v3.0.x/html/generated_rst/pandas.html

原文由 lgautier 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 2

由于没有人费心写下使用较新版本的 rpy2 的方法：

转换是使用 localconverter 块完成的，该块自动从 pandas 数据帧转换为 r 数据帧并返回。

 import pandas as pd
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import pandas2ri

from rpy2.robjects.conversion import localconverter

pd_df = pd.DataFrame({'int_values': [1,2,3],
                      'str_values': ['abc', 'def', 'ghi']})

base = importr('base')
with localconverter(ro.default_converter + pandas2ri.converter):
  df_summary = base.summary(pd_df)

原文由 JonasV 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议