如何将“打印”输出重定向到文件？

Question

我想使用 Python 将打印重定向到 .txt 文件。我有一个 for 循环，它将 print 输出我的每个 .bam 文件，同时我想将 所有 输出重定向到一个文件。所以我试着把：

 f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我的脚本的开头。但是我在 .txt 文件中什么也得不到。我的脚本是：

 #!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

所以有什么问题？除了这个 sys.stdout 还有其他方法吗？

我需要我的结果看起来像：

 Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

原文由 LookIntoEast 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 1

最明显的方法是打印到一个文件对象：

 with open('out.txt', 'w') as f:
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x

但是，重定向 stdout 也适用于我。像这样的一次性脚本可能没问题：

 import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print('i = ', i)

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

自 Python 3.4 以来 ，标准库中 提供了一个简单的上下文管理器来执行此操作：

 from contextlib import redirect_stdout

with open('out.txt', 'w') as f:
    with redirect_stdout(f):
        print('data')

从 shell 本身外部重定向是另一种选择，通常更可取：

 ./script.py > out.txt

其他问题：

脚本中的第一个文件名是什么？我没有看到它已初始化。

我的第一个猜测是 glob 没有找到任何 bamfile，因此 for 循环没有运行。检查该文件夹是否存在，并在脚本中打印出 bamfile。

此外，使用 os.path.join 和 os.path.basename 来操作路径和文件名。

原文由 Gringo Suave 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 2

您可以使用 file 参数重定向打印（在 Python 2 中有 >> 运算符）。

 f = open(filename,'w')
print('whatever', file=f) # Python 3.x
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x

在大多数情况下，您最好只是正常地写入文件。

 f.write('whatever')

或者，如果你有几个项目你想用空格来写，比如 print ：

 f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

原文由 agf 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议