如何列出 h5py 文件中的所有数据集？

Question

我有一个存储 numpy 数组的 h5py 文件，但是当我尝试使用我记得的数据集名称打开它时，我得到了 Object doesn't exist error ，那么有没有一种方法可以列出该文件具有哪些数据集？

    with h5py.File('result.h5','r') as hf:
        #How can I list all dataset I have saved in hf?

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Answer 1

你必须使用 keys 方法。这将为您提供数据集和组名称的 unicode 字符串列表。例如：

 Datasetnames=hf.keys()

另一种基于 gui 的方法是使用 HDFView。 https://support.hdfgroup.org/products/java/release/download.html

原文由 max9111 发布，翻译遵循 CC BY-SA 3.0 许可协议

Answer 2

其他答案只是告诉您如何在根组下列出键，这可能会引用其他组或数据集。

如果你想要更接近 h5dump 但在 python 中的东西，你可以这样做：

 import h5py

def descend_obj(obj,sep='\t'):
    """
    Iterate through groups in a HDF5 file and prints the groups and datasets names and datasets attributes
    """
    if type(obj) in [h5py._hl.group.Group,h5py._hl.files.File]:
        for key in obj.keys():
            print sep,'-',key,':',obj[key]
            descend_obj(obj[key],sep=sep+'\t')
    elif type(obj)==h5py._hl.dataset.Dataset:
        for key in obj.attrs.keys():
            print sep+'\t','-',key,':',obj.attrs[key]

def h5dump(path,group='/'):
    """
    print HDF5 file metadata

    group: you can give a specific group, defaults to the root group
    """
    with h5py.File(path,'r') as f:
         descend_obj(f[group])

原文由 Seb 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议