Anaconda 4.7.5 - 关于 conda-build <3.18.3 和 python 包问题的警告

Question

我在 Ubuntu Linux 18.04 LTS x64 上运行 Anaconda python 发行版，并用通常的 conda update --all 更新了发行版。之后，命令行消息建议更新 conda 基础默认值。现在由于某种原因，我遇到了几个问题。首先，我无法启动 jupyter lab ，即使在尝试重新安装 conda install jupyter 之后也是如此。其次，我收到了这条新的警告信息。

     WARNING conda.base.context:use_only_tar_bz2(632):
 Conda is constrained to only using the old .tar.bz2
 file format because you have conda-build installed,
 and it is <3.18.3.  Update or remove conda-build to
 get smaller downloads and faster extractions.

所以我查看并找到了这篇关于让 Anaconda 更快 的博客文章。但是帖子好像信息比较多，好像不建议马上升级。

这是 conda info 的输出。

      active environment : XXX
    active env location : XXX
            shell level : 2
       user config file : ../.condarc
 populated config files : ../.condarc
          conda version : 4.7.5
    conda-build version : 3.17.8
         python version : 3.6.6.final.0
       virtual packages : __cuda=10.1
       base environment : ../anaconda3  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : ../.conda/pkgs
       envs directories : ../.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.7.5 requests/2.22.0 CPython/3.6.6 Linux/4.15.0-50-generic ubuntu/18.04.2 glibc/2.27
                UID:GID : 1000:1000
             netrc file : None
           offline mode : False

还有其他人遇到过这个问题吗？我应该删除旧的 anaconda 发行版并下载并安装新版本的 4.7，还是有更简单的修复方法？

更新

所以我确实将这个问题发布到 Github 上的 conda repo。下面列出了针对此问题的当前问题。根据 msarahan 这是问题的基础，只是一个临时解决方法

https://github.com/conda/conda/issues/8842

1. anaconda 是一个元包。每个版本都由一组版本组成，这些版本作为一个集合一起通过了 QA。如果您更改该集合中任何包的任何版本，您将不再拥有该元包，因为您已经偏离了该已知集合。该元数据包有一个特殊版本 custom，旨在处理这种放宽约束。 “自定义”版本仅取决于特定版本的 python - 它消除了对所有其他包的约束。

2. conda 4.7 以不同于早期 conda 版本的方式构建其候选者以进行添加。它从历史规范开始，并尝试尽可能地限制事物，以加快解决方案的速度。当 conda 找到具有“自定义”版本的 anaconda 元数据包时，它会保留它，但所有其他依赖项现在都被孤立了。这就是 conda 删除它们的原因——它们在历史上没有告诉 conda 保留它们的规范。

您可以通过运行 conda install --only-deps anaconda 恢复这些。从那时起，所有这些包都被认为是您显式历史记录的一部分，您不会再有这样的问题。

原文由 krishnab 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 1

conda activate base  # or just conda deactivate
conda update conda-build

（或者简单地说 conda update -n base -c defaults conda-build ）

如果这没有解决，请尝试回滚到更新到 4.7.5 之前，正如@LeninGF 建议的那样，然后删除 conda 元数据，清理 conda，然后再次尝试更新，即

conda list --revisions  # find number, x, before the update
conda install --revision x
rm -rf ~/.conda
conda clean --all
conda update conda

原文由 James Owers 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

Answer 2

我刚刚通过更新遇到了同样的问题。以下帮助我恢复了基础环境。我正在另一个环境中测试它是否有效。

 conda list --revisions
conda install --revision  dd

其中 dd 是您希望返回的修订号

例如：

 conda install --revision 8

这帮助我恢复了基本的 conda 环境。不幸的是，对于我创建的tensorflow环境，我不得不重新安装。还建议在您的环境运行后创建一个 yaml 文件，以便您可以随时重新安装。这是用

conda env export > name.yaml

您需要激活 anaconda 环境才能工作，并指向磁盘中要存储文件的位置。

要从 yaml 文件创建环境，只需使用：

 conda env create -f name.yaml

为了方便起见，我在此处附上我在 tensorflow-gpu 环境中得到的结果（你可以看到我有多达 11 个修订）。不是 conda 方面的专家，但似乎 _修订工作与 git 一样_，记录您的更改并让您返回它们。但是，这似乎也取决于天气，您在 conda 环境中拥有安装的备份文件，当您运行 conda clean 命令时，这些备份文件可能会丢失：

 (base) leninml@Lenin:~$ conda activate tf_gpu_10
(tf_gpu_10) leninml@Lenin:~$ conda list --revisions
2019-06-26 12:50:10  (rev 0)

2019-06-26 12:59:19  (rev 1)
    +_tflow_select-2.1.0 (anaconda)
    +absl-py-0.7.1 (anaconda)
    +astor-0.7.1 (anaconda)
    +blas-1.0 (anaconda)
    +c-ares-1.15.0 (anaconda)
    +ca-certificates-2019.5.15 (anaconda)
    +certifi-2019.6.16 (anaconda)
    +cudatoolkit-10.0.130 (anaconda)
    +cudnn-7.6.0 (anaconda)
    +cupti-10.0.130 (anaconda)
    +gast-0.2.2 (anaconda)
    +grpcio-1.16.1 (anaconda)
    +h5py-2.9.0 (anaconda)
    +hdf5-1.10.4 (anaconda)
    +intel-openmp-2019.4 (anaconda)
    +keras-applications-1.0.8 (anaconda)
    +keras-preprocessing-1.1.0 (anaconda)
    +libedit-3.1.20181209 (anaconda)
    +libffi-3.2.1 (anaconda)
    +libgcc-ng-9.1.0 (anaconda)
    +libgfortran-ng-7.3.0 (anaconda)
    +libprotobuf-3.8.0 (anaconda)
    +libstdcxx-ng-9.1.0 (anaconda)
    +markdown-3.1.1 (anaconda)
    +mkl-2019.4 (anaconda)
    +mkl_fft-1.0.12 (anaconda)
    +mkl_random-1.0.2 (anaconda)
    +mock-3.0.5 (anaconda)
    +ncurses-6.1 (anaconda)
    +numpy-1.16.4 (anaconda)
    +numpy-base-1.16.4 (anaconda)
    +openssl-1.1.1 (anaconda)
    +pip-19.1.1 (anaconda)
    +protobuf-3.8.0 (anaconda)
    +python-3.7.3 (anaconda)
    +readline-7.0 (anaconda)
    +scipy-1.2.1 (anaconda)
    +setuptools-41.0.1 (anaconda)
    +six-1.12.0 (anaconda)
    +sqlite-3.28.0 (anaconda)
    +tensorboard-1.13.1 (anaconda)
    +tensorflow-1.13.1 (anaconda)
    +tensorflow-base-1.13.1 (anaconda)
    +tensorflow-estimator-1.13.0 (anaconda)
    +tensorflow-gpu-1.13.1 (anaconda)
    +termcolor-1.1.0 (anaconda)
    +tk-8.6.8 (anaconda)
    +werkzeug-0.15.4 (anaconda)
    +wheel-0.33.4 (anaconda)
    +xz-5.2.4 (anaconda)
    +zlib-1.2.11 (anaconda)

2019-06-26 13:00:52  (rev 2)
    +backcall-0.1.0 (anaconda)
    +decorator-4.4.0 (anaconda)
    +ipython-7.5.0 (anaconda)
    +ipython_genutils-0.2.0 (anaconda)
    +jedi-0.13.3 (anaconda)
    +parso-0.4.0 (anaconda)
    +pexpect-4.7.0 (anaconda)
    +pickleshare-0.7.5 (anaconda)
    +prompt_toolkit-2.0.9 (anaconda)
    +ptyprocess-0.6.0 (anaconda)
    +pygments-2.4.2 (anaconda)
    +traitlets-4.3.2 (anaconda)
    +wcwidth-0.1.7 (anaconda)

2019-06-26 13:05:42  (rev 3)
     blas  {1.0 (anaconda) -> 2.7 (conda-forge)}
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     grpcio  {1.16.1 (anaconda) -> 1.16.1}
     mkl_fft  {1.0.12 (anaconda) -> 1.0.13 (conda-forge)}
     mkl_random  {1.0.2 (anaconda) -> 1.0.4 (conda-forge)}
     numpy  {1.16.4 (anaconda) -> 1.16.4}
     numpy-base  {1.16.4 (anaconda) -> 1.16.4}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
     scipy  {1.2.1 (anaconda) -> 1.3.0 (conda-forge)}
    +joblib-0.13.2 (conda-forge)
    +libblas-3.8.0 (conda-forge)
    +libcblas-3.8.0 (conda-forge)
    +liblapack-3.8.0 (conda-forge)
    +liblapacke-3.8.0 (conda-forge)
    +libopenblas-0.3.6
    +openblas-0.3.5 (conda-forge)
    +scikit-learn-0.21.2 (conda-forge)

2019-06-26 13:08:05  (rev 4)
     tk  {8.6.8 (anaconda) -> 8.6.9 (conda-forge)}
    +cycler-0.10.0 (conda-forge)
    +dbus-1.13.6 (conda-forge)
    +expat-2.2.5 (conda-forge)
    +fontconfig-2.13.1 (conda-forge)
    +freetype-2.10.0 (conda-forge)
    +gettext-0.19.8.1 (conda-forge)
    +glib-2.58.3 (conda-forge)
    +gst-plugins-base-1.14.5 (conda-forge)
    +gstreamer-1.14.5 (conda-forge)
    +icu-58.2 (conda-forge)
    +jpeg-9c (conda-forge)
    +kiwisolver-1.1.0 (conda-forge)
    +libiconv-1.15 (conda-forge)
    +libpng-1.6.37 (conda-forge)
    +libuuid-2.32.1 (conda-forge)
    +libxcb-1.13 (conda-forge)
    +libxml2-2.9.9 (conda-forge)
    +matplotlib-3.1.0 (conda-forge)
    +matplotlib-base-3.1.0 (conda-forge)
    +pcre-8.41 (conda-forge)
    +pthread-stubs-0.4 (conda-forge)
    +pyparsing-2.4.0 (conda-forge)
    +pyqt-5.9.2 (conda-forge)
    +python-dateutil-2.8.0 (conda-forge)
    +qt-5.9.7 (conda-forge)
    +sip-4.19.8 (conda-forge)
    +tornado-6.0.3 (conda-forge)
    +xorg-libxau-1.0.9 (conda-forge)
    +xorg-libxdmcp-1.1.3 (conda-forge)

2019-06-26 13:10:31  (rev 5)
     ca-certificates  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.5.15 (anaconda)}
     certifi  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.6.16 (anaconda)}
     openssl  {1.1.1b (conda-forge) -> 1.1.1 (anaconda)}
    +cloudpickle-1.1.1 (anaconda)
    +cytoolz-0.9.0.1 (anaconda)
    +dask-core-1.2.2 (anaconda)
    +imageio-2.5.0 (anaconda)
    +libtiff-4.0.10 (anaconda)
    +networkx-2.3 (anaconda)
    +olefile-0.46 (anaconda)
    +pillow-6.0.0 (anaconda)
    +pywavelets-1.0.3 (anaconda)
    +scikit-image-0.15.0 (anaconda)
    +toolz-0.9.0 (anaconda)
    +zstd-1.3.7 (anaconda)

2019-06-26 13:12:14  (rev 6)
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
    +tensorflow-hub-0.5.0 (conda-forge)

2019-06-26 13:13:00  (rev 7)
     tensorboard  {1.13.1 (anaconda) -> 1.13.1 (conda-forge)}

2019-06-26 13:13:47  (rev 8)
     ca-certificates  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.5.15 (anaconda)}
     certifi  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.6.16 (anaconda)}
     openssl  {1.1.1b (conda-forge) -> 1.1.1 (anaconda)}
    +pandas-0.24.2 (anaconda)
    +pytz-2019.1 (anaconda)

2019-06-26 13:14:36  (rev 9)
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
    +pydicom-1.2.2 (conda-forge)

2019-06-26 13:19:06  (rev 10)
     ca-certificates  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.5.15 (anaconda)}
     certifi  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.6.16 (anaconda)}
     openssl  {1.1.1b (conda-forge) -> 1.1.1 (anaconda)}
    +attrs-19.1.0 (anaconda)
    +bleach-3.1.0 (anaconda)
    +defusedxml-0.6.0 (anaconda)
    +entrypoints-0.3 (anaconda)
    +gmp-6.1.2 (anaconda)
    +ipykernel-5.1.1 (anaconda)
    +ipywidgets-7.4.2 (anaconda)
    +jinja2-2.10.1 (anaconda)
    +jsonschema-3.0.1 (anaconda)
    +jupyter-1.0.0 (anaconda)
    +jupyter_client-5.2.4 (anaconda)
    +jupyter_console-6.0.0 (anaconda)
    +jupyter_core-4.4.0 (anaconda)
    +libsodium-1.0.16 (anaconda)
    +markupsafe-1.1.1 (anaconda)
    +mistune-0.8.4 (anaconda)
    +nbconvert-5.5.0 (anaconda)
    +nbformat-4.4.0 (anaconda)
    +notebook-5.7.8 (anaconda)
    +pandoc-2.2.3.2 (anaconda)
    +pandocfilters-1.4.2 (anaconda)
    +prometheus_client-0.6.0 (anaconda)
    +pyrsistent-0.14.11 (anaconda)
    +pyzmq-18.0.0 (anaconda)
    +qtconsole-4.5.1 (anaconda)
    +send2trash-1.5.0 (anaconda)
    +terminado-0.8.2 (anaconda)
    +testpath-0.4.2 (anaconda)
    +webencodings-0.5.1 (anaconda)
    +widgetsnbextension-3.4.2 (anaconda)
    +zeromq-4.3.1 (anaconda)

2019-06-26 13:33:00  (rev 11)
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
    +binutils_impl_linux-64-2.31.1
    +binutils_linux-64-2.31.1
    +gcc_impl_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +gcc_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +gxx_impl_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +gxx_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +keras-2.2.4 (conda-forge)
    +libgpuarray-0.7.6 (conda-forge)
    +mako-1.0.10 (conda-forge)
    +pygpu-0.7.6 (conda-forge)
    +pyyaml-5.1.1 (conda-forge)
    +theano-1.0.4 (conda-forge)
    +yaml-0.1.7 (conda-forge)

原文由 LeninGF 发布，翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议