在 R Markdown 文件中包含 HTML 文件?

新手上路,请多包涵

快速总结

如何将 HTML 文件 放置 在 R Markdown 文件中?

细节

我通过 choroplethr 创建了一些不错的动画等值线图。

如链接所示,动画等值线通过创建一组 PNG 图像发挥作用,然后将这些图像滚动到循环显示图像的 HTML 文件中,以显示动画。效果很好,看起来很棒。

但现在我想将这些页面嵌入/合并到 .Rmd 文件中,这样我就有了一个包括这些动画等值线以及其他工作的整体报告。

在我看来应该有一个简单的方法来做相当于

链接:

 [please click here](http://this.is.where.you.will.go.html)

要么

图片:

 ![cute cat image](http://because.that.is.what.we.need...another.cat.image.html)

图像路径正是我想要的:一个被“放大”以将信息放置到位的参考,而不仅仅是一个链接。我怎样才能用完整的 HTML 文件而不只是图像来做到这一点?有什么办法吗?

举例说明

假设我的 choropleth HTML 文件位于 './animations/demographics.html' 的本地路径中,并且我有一个 R Markdown 文件,例如:

 ---
title: 'Looking at the demographics issue'
author: "Mike"
date: "April 9th, 2016"
output:
  html_document:
    number_sections: no
    toc: yes
    toc_depth: 2
fontsize: 12pt
---

# Introduction

Here is some interesting stuff that I want to talk about.  But first, let's review those earlier demographic maps we'd seen.

!![demographics map]('./animations/demographics.html')

我假设/假装 !! 是将完全按照我的意愿行事的前提:允许我将该 HTML 文件嵌入到报告的其余部分中。

更新

两个更新。最近,我仍然无法正常工作,所以我将其全部推送到 GitHub 存储库,以防有人愿意帮助我解决问题。可以在该存储库的自述文件中找到更多详细信息。

似乎能够将 HTML 嵌入到 R Markdown 文件中会非常有用,所以我一直在尝试整理它。


(较早的评论)

根据一些有用的建议,我在 R Markdown 文件中尝试并失败了以下内容:

闪亮方法:

 ```{r showChoro1}
shiny::includeHTML("./animations/demographics.html")
```

(我还在 YAML 部分添加了 runtime:Shiny 。)

htmltools 方法:

 ```{r showChoro1}
htmltools::includeHTML("./animations/demographics.html")
```

(在这种情况下,我没有对 YAML 进行任何更改。)

在前一种情况下( Shiny ),它根本不起作用。事实上,包含 HTML 似乎完全破坏了文档的功能,以至于运行时似乎永远无法正常运行。 (简而言之,虽然它似乎加载了所有内容,但“加载”心轴从未消失。)

在后一种情况下,没有其他东西被弄乱,但它是一个损坏的图像。奇怪的是,文档顶部有一个“choropleth player”功能区可以使用,只是没有图像会弹出。


为了我自己的理智,我还提供了简单的链接,效果很好。

 [This link](./animations/demographics.html) worked without a problem, except that it is not embedded, as I would prefer.

因此,嵌入显然是一个挑战。

原文由 Mike Williamson 发布,翻译遵循 CC BY-SA 4.0 许可协议

阅读 584
2 个回答

这是一个 hack(可能不优雅)…想法是直接以编程方式在 Rmd 中插入 HTML,然后呈现 Rmd。

temp.Rmd 文件:

 ---
title: "Introduction"
author: "chinsoon12"
date: "April 10, 2016"
output: html_document
---

<<insertHTML:[test.html]

etc, etc, etc

```{r, echo=FALSE}
htmltools::includeHTML("test.html")
```

etc, etc, etc

测试.html 文件:

 <html>

    <head>
    <title>Title</title>
    </head>

    <body>

        <p>This is an R HTML document. When you click the <b>Knit HTML</b> button a web page will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:</p>

        <p>test test</p>

    </body>
</html>

用 HTML 代码替换 Rmd 代码然后渲染的冗长代码(可能会缩短很多)

 library(stringi)
subHtmlRender <- function(mdfile, htmlfile) {
    #replace <<insertHTML:htmlfile with actual html code
    #but without beginning white space
    lines <- readLines(mdfile)
    toSubcode <- paste0("<<insertHTML:[",htmlfile,"]")
    location <- which(stri_detect_fixed(lines, toSubcode) )
    htmllines <- stri_trim(readLines(htmlfile))

    #render html doc
    newRmdfile <- tempfile("temp", getwd(), ".Rmd")
    newlines <- c(lines[1:(location-1)],
                  htmllines,
                  lines[min(location+1, length(lines)):length(lines)])  #be careful when insertHTML being last line in .Rmd file
    write(newlines, newRmdfile)
    rmarkdown::render(newRmdfile, "html_document")
    shell(gsub(".Rmd",".html",basename(newRmdfile),fixed=T))
} #end subHtmlRender

subHtmlRender("temp.Rmd", "test.html")


编辑:htmltools::includeHTML 也适用于我提供的示例文件。是因为您的特定 html 不喜欢 UTF8 编码吗?


编辑:将@MikeWilliamson 的评论纳入反馈

我尝试了以下

  1. animated_choropleth.html 复制并粘贴到空白 .Rmd 中
  2. 删除对 cloudfare.com 的引用,因为我在渲染时遇到访问问题(见下文)
  3. 编织HTML
  4. 放回那些 cloudfare 网站链接
  5. 将图形放在与呈现的 html 相同的文件夹中
  6. 打开 HTML

我似乎找回了 html,但不确定结果是否符合您的预期

您在第 2 部分中是否也面临同样的问题?您可能想发布错误消息并要求修复 :)。这是我的错误信息

pandoc.exe: Failed to retrieve http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/twitter-bootstrap/3.1.1/css/bootstrap.min.css
FailedConnectionException2 "cdnjs.cloudflare.com" 80 False getAddrInfo: does not exist (error 11001)
Error: pandoc document conversion failed with error 61

原文由 chinsoon12 发布,翻译遵循 CC BY-SA 3.0 许可协议

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